A empresa foi fundada en 1984 polo matrimonio de Leonard Bosack e Sandra Lerner, quen formaban parte do persoal de computación da Universidade de Stanford. Bosack adaptou o software para enrutadores multi-protocolo orixinalmente escrito por William Yeager, outro empregado de informática nesa Universidade. Cisco Systems creou o primeiro router comercialmente exitoso. O nome da compañía vén dun xogo de palabras coa cidade de San Francisco, desde onde comezou o seu desenvolvemento como empresa multinacional.
Hoxe en día, outro xigante que lle está intentando facer sombra é a multinacional Juniper Networks, dedicada principalmente á venda de routers para enlaces backbone (columna vertebral).
Ademais de desenvolver o hardware dos seus equipos, Cisco Systems tamén se ocupa de desenvolver o seu propio software de xestión e configuración para eles, que é coñecido como IOS de código actualmente pechado e totalmente propietario.
A través do IOS conséguese configurar os equipos Cisco mediante a denominada "Command Line Interface" (Interface de Liña de Comandos, polo seu nome en galego) que serve de intérprete entre o usuario e o equipo.
Cisco Systems tamén posúe unha división de publicacións tecnolóxicas denominada Cisco Press, a cal ten convenio coa editorial estadounidense Pearson VUE, así como unha división educativa que produce material educativo para programas que teñen coma fin a formación de persoal profesional especializado no deseño, administración e mantenza de redes informáticas. Algúns destes programas son: