Shigemotos „Alice-System" wird auf einer Konferenz der Kaii-Branche wegen fehlender Erfolge abgelehnt. Um sein Können zu beweisen, wagt er sich an ein gewaltiges, riskantes Projekt. Währenddessen erhält Koshigaya ein dubioses Angebot, das ihren Vater in Bedrängnis bringt.

Kana und Koshigaya besuchen das RIMT, um eine neue Kaii-Art zu untersuchen und zu beseitigen. Unter Vizeleiter Akasakas Anleitung treffen sie auf ein rätselhaftes, scheinbar unbesiegbares Kaii, das allen bekannten Regeln widerspricht. Als sich das Kaii unerwartet verändert, läuft Magilumiere die Zeit davon.

Magilumiere und AST stellen sich gleichzeitig einer neuen, außer Kontrolle geratenen Kaii-Art. Koshigayas Annäherungsversuch an Tsuchiba führt stattdessen zu Spannungen zwischen beiden Firmen. Während das unbekannte Kaii unter dem Einfluss von Magie immer weiter mutiert, übernimmt ein neuer Operator die Leitung des alles entscheidenden Kampfes.

Magilumiere und AST kämpfen gemeinsam gegen ein sich rasant entwickelndes Kaii der Klasse C. Mit unkonventionellen Angriffs- und Verteidigungsstrategien stellen sie bewährte Taktiken auf den Kopf, während Kana im Kampf Echtzeitdaten auswertet. Gemeinsam entwickeln sie einen Plan für den entscheidenden Gegenangriff.

Um das Alice-System weiterzuentwickeln, sucht Magilumiere neue Ingenieure. Kana führt Bewerbungsgespräche und versucht, die Vorzüge des Unternehmens zu vermitteln. Dabei stößt das Team auf unerwartete Talente. Doch der Bedarf an Fachkräften wächst weiter, weshalb Magilumiere für Vorträge und Bewerbungsgespräche nach Kyoto reist.

In Kyoto trifft Magilumiere auf den Ingenieurskandidaten Yamimori. Obwohl er überragende Fähigkeiten besitzt, fehlt es ihm an Teamgeist. Hinter seinem Verhalten verbergen sich seine Beziehung zu seinem Jugendfreund Sakae und seine ganz eigenen Überzeugungen. Währenddessen beginnt am Tonomori-Schrein ein traditionelles Fest, bei dem ein versiegeltes Kaii im Rahmen eines Rituals freigesetzt wird.

Als das Tonomori-Ritual seinen Höhepunkt erreicht, dringt plötzlich ein unbekanntes Kaii in die eigentlich geschützte Barriere ein. Das Gelände versinkt im Chaos, die Mitglieder von Magilumiere werden voneinander getrennt und kämpfen an verschiedenen Fronten ums Überleben. Während Makino und Akasaka im Inneren gegen das Kaii antreten, versucht Futakoyama von außen einen Ausweg zu finden.

Das außer Kontrolle geratene Kaii hält das Schreingelände weiterhin eingeschlossen. Yamimori handelt erstmals aus eigenem Antrieb und gewinnt das Vertrauen seiner neuen Gefährten. Gemeinsam mit Makino und Akasaka stellt sich das Team dem immer mächtigeren Gegner. Mit Vertrauen, technischem Können und improvisierten Strategien kämpfen Magical Girls und Ingenieure Seite an Seite.

Es stellt sich heraus, dass der Vorfall am Tonomori-Schrein absichtlich herbeigeführt wurde. Hinter der Tat steckt eine Gruppierung, die eine Lockerung der Magieregulierung anstrebt und Kaii für die Manipulation der öffentlichen Meinung missbraucht. Während Yamimori seinen Platz bei Magilumiere findet, beginnt Kana ihre eigene Rolle in den Veränderungen der Branche zu hinterfragen.

Um den nächsten Plan der Deregulierungsbefürworter zu vereiteln, wagt Magilumiere eine beispiellose Operation und erwartet ein Kaii bereits vor seinem Auftauchen. Stattdessen erscheint ein riesiges, unbekanntes Wesen, das jede bisherige Klassifizierung sprengt. Während Koshigaya, Akasaka und Makino an der Front kämpfen, koordinieren Futakoyama und Yamimori den Einsatz.

Der Kampf in der Bucht von Tokyo eskaliert. Magilumiere setzt auf eingespielte Teamarbeit, doch AST greift mit Tsuchibas neuem Magiegerät „Wing" ein. Seine auf maximale Feuerkraft und Alleingänge ausgelegte Strategie steht im direkten Gegensatz zu Magilumieres kooperativer Kampftaktik. Der Konflikt wird zu einem Wettstreit unterschiedlicher Unternehmensphilosophien.

Im entscheidenden Kampf beschließen Magilumiere und AST erstmals zusammenzuarbeiten. Auf Shigemotos Anweisung wird die Technologie des Alice-Systems vollständig mit AST geteilt, um gemeinsame Kombinationsmagie zu entwickeln. Während Tsuchiba zunehmend die Kontrolle über seine Magie verliert, kämpfen beide Teams gemeinsam für eine neue Zukunft.