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I added an example based on the answer of @gturri, i hope it helps someone:

I've added an example based on the answer of @gturri, i hope it helps someone:

cd myRepoRoot
git remote add sub <url_to_submodule>
git fetch sub
git merge sub/master

cd myRepoRoot
git remote add sub <url_to_submodule>
git fetch sub
git merge sub/master --allow-unrelated-histories

Remove submodule from repo (helps from https://stackoverflow.com/a/1260982/1539100)

rm -rf .git/modules/app/code/Foo/Bar
git config --remove-section submodule.app/code/Foo/Bar

app/
├─ code/
│  ├─ Foo/
│  │  ├─ Bar/
│  │  │  ├─ .git/
│  │  │  ├─ .gitignore
│  │  │  ├─ registration.php
│  │  │  ├─ etc/
│  │  │  │  ├─ modules.xml
│  │  │  ├─ view/
│  │  │  │  ├─ frontend/
│  │  │  │  │  ├─ templates/
│  │  │  │  │  │  ├─ foo.phtml

app/
├─ code/
│  ├─ Foo/
│  │  ├─ Bar/
│  │  │  ├─ .git/
│  │  │  ├─ .gitignore
│  │  │  ├─ registration.php
│  │  │  ├─ etc/
│  │  │  │  ├─ modules.xml
│  │  │  ├─ view/
│  │  │  │  ├─ frontend/
│  │  │  │  │  ├─ templates/
│  │  │  │  │  │  ├─ foo.phtml
│  │  │  ├─ app/
│  │  │  │  ├─ code/
│  │  │  │  │  ├─ Foo/
│  │  │  │  │  │  ├─ Bar/

git checkout <target_branch>
git pull
git mv .gitignore registration.php etc/ view/ app/code/Foo/Bar
git commit -am "Moved files"
git push

app/
├─ code/
│  ├─ Foo/
│  │  ├─ Bar/
│  │  │  ├─ .git/
│  │  │  ├─ app/
│  │  │  │  ├─ code/
│  │  │  │  │  ├─ Foo/
│  │  │  │  │  │  ├─ Bar/
│  │  │  │  |  │  │  ├─ .gitignore
│  │  │  │  |  │  │  ├─ registration.php
│  │  │  │  |  │  │  ├─ etc/
│  │  │  │  |  │  │  |  ├─ modules.xml
│  │  │  │  |  │  │  ├─ view/
│  │  │  │  |  │  │  |  ├─ frontend/
│  │  │  │  |  │  │  │  |  ├─ templates/
│  │  │  │  |  │  │  |  │  │  ├─ foo.phtml

rm -rf <my_repo_root>/app/code/Foo/Bar

cd myRepoRoot
git remote add sub <url_to_submodule>
git fetch sub
git merge sub/master

app/
├─ code/
│  ├─ Foo/
│  │  ├─ Bar/
│  │  │  ├─ .git/
│  │  │  ├─ .gitignore
│  │  │  ├─ registration.php
│  │  │  ├─ etc/
│  │  │  │  └─ modules.xml
│  │  │  ├─ view/
│  │  │  │  ├─ frontend/
│  │  │  │  │  ├─ templates/
│  │  │  │  │  │  ├─ foo.phtml

app/
├─ code/
│  ├─ Foo/
│  │  ├─ Bar/
│  │  │  ├─ .git/
│  │  │  ├─ .gitignore
│  │  │  ├─ registration.php
│  │  │  ├─ etc/
│  │  │  │  └─ modules.xml
│  │  │  ├─ view/
│  │  │  │  ├─ frontend/
│  │  │  │  │  ├─ templates/
│  │  │  │  │  │  ├─ foo.phtml
│  │  │  ├─ app/
│  │  │  │  ├─ code/
│  │  │  │  │  ├─ Foo/
│  │  │  │  │  │  ├─ Bar/

git checkout <target_branch>
git pull
git mv .gitignore registration.php etc/ view/ app/code/Foo/Bar
git commit -am "Moved files"
git push

app/
├─ code/
│  ├─ Foo/
│  │  ├─ Bar/
│  │  │  ├─ .git/
│  │  │  ├─ app/
│  │  │  │  ├─ code/
│  │  │  │  │  ├─ Foo/
│  │  │  │  │  │  ├─ Bar/
│  │  │  │  │  │  │  ├─ .gitignore
│  │  │  │  │  │  │  ├─ registration.php
│  │  │  │  │  │  │  ├─ etc/
│  │  │  │  │  │  │  │  └─ modules.xml
│  │  │  │  │  │  │  ├─ view/
│  │  │  │  │  │  │  │  ├─ frontend/
│  │  │  │  │  │  │  │  │  ├─ templates/
│  │  │  │  │  │  │  │  │  │  ├─ foo.phtml

rm -rf <my_repo_root>/app/code/Foo/Bar

cd myRepoRoot
git remote add sub <url_to_submodule>
git fetch sub
git merge sub/master