สวัสดีค่ะ สำหรับคอลัมน์ Talk to... ฉบับนี้ ปุ้ม (ศิริขวัญ พลประทีป) จะมารับหน้าที่แทนพี่ก้อย (จิตสุพางค์ รอดบำเรอ) นะคะ เนื่องจากพี่ก้อยติดงานด่วนมากค่ะ เช่นเคยนะคะ เดือนนี้ เราจะไปคุยกับอาจารย์นักวิจัยรุ่นใหม่ ไฟแรง นั่นคือ อาจารย์ ดร. ไตรวิทย์ รัตนโรจน์พงศ์ ค่ะ ท่านเป็นอาจารย์ประจำภาควิชาจุลชีววิทยา คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี วันนี้ปุ้มจะมาคุยกับอาจารย์เกี่ยวกับงานวิจัยทางด้านวิทยาศาสตร์ที่อาจารย์กำลังทำอยู่ และการนำเอา bioinformatics เข้ามาใช้ในงานวิจัยของอาจารย์ด้วยค่ะ แอบกระซิบก่อนว่างานของอาจารย์เป็นการผสมผสานระหว่าง bioinformatics กับการทำ wet lab นะคะ
อาจารย์ทำงานที่ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี มานานรึยังคะ
ผมทำงานที่มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี ตอนนี้ นับรวมๆ ได้ประมาณ 17 ปีแล้วครับ แต่ว่าจริงๆ แล้ว 17 ปี ที่อยู่ที่มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี เป็นช่วงที่ผมเรียนระดับปริญญาโทและปริญญาเอกด้วยครับ
งานวิจัยที่อาจารย์สนใจเป็นงานทางด้านไหนคะ
งานวิจัยที่ผมสนใจส่วนใหญ่เป็นงานที่ต่อเนื่องมาจากวิทยานิพนธ์ในระดับปริญญาเอก โดยจะเน้นหนักงานวิจัยทางด้านกุ้ง ซึ่งศึกษาถึงหน้าที่ของโปรตีนของเชื้อไวรัสตัวแดงดวงขาว หรือ White spot syndrome virus (WSSV) โดยศึกษาว่าโปรตีนที่เป็นส่วนประกอบของ WSSV มีบทบาทต่อการติดเชื้อในกุ้งอย่างไรในระดับโมเลกุลครับ
ไวรัสตัวนี้มีความน่าสนใจยังงัยคะ
คือ ไวรัสตัวนี้เป็นไวรัสที่ก่อให้เกิดอัตราการตายของกุ้ง โดยมีการระบาดค่อนข้างรุนแรงในอุตสาหกรรมเพาะเลี้ยงกุ้ง ไม่เฉพาะในประเทศไทย แต่ยังพบการระบาดในนานาประเทศทั่วโลกด้วยครับ นอกจากนั้นแล้วไวรัสตัวนี้ยังได้มีการทำ complete genome sequence แล้ว ซึ่งได้มีการเก็บอยู่ในฐานข้อมูลแล้ว แต่ก็เนื่องมาจากว่า ถึงแม้ว่าเราจะทราบจีโนมของไวรัสตัวนี้ทั้งหมดแล้ว แต่ก็ยังมีหลายๆ ยีน หรือ หลายๆ open reading frame ที่ยังไม่สามารถวิเคราะห์ว่ามันทำหน้าที่อะไร
นอกจากนั้นการศึกษากลไกลการติดเชื้อไวรัสชนิดนี้ในกุ้ง น่าจะทำให้เรามีความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับกระบวนการติดเชื้อของไวรัสในสัตว์ที่ไม่มีกระดูกสันหลังด้วย ซึ่งความรู้ความเข้าใจอันนี้น่าจะมีประโยชน์ต่อการพัฒนาแนวทางการป้องกันโรคระบาดจากเชื้อไวรัสนี้ได้ในอนาคต
แล้วปัจจุบันนี้ไวรัสตัวนี้มีงานวิจัยออกมามากน้อยแค่ไหนคะ
ก็มีมากเลยครับ แต่งานวิจัยส่วนใหญ่จะเน้นหนักไปในแง่ของ proteomics analysis ซึ่งก็คือการศึกษาหาหน้าที่ของโปรตีนชนิดต่างๆ ของไวรัส แต่ในปัจจุบันข้อมูลที่ได้ ยังมีข้อมูลไม่มากพอที่จะนำไปในการเชื่อมโยงหรือหาความสัมพันธ์ในระดับโมเลกุลของการติดเชื้อได้ เนื่องจากมีข้อจำกัดหลายๆ อย่างในการทำวิจัยทางด้านกุ้ง เพราะว่าถ้าเราต้องการศึกษาหน้าที่ของโปรตีนของไวรัสให้มีความรู้ความเข้าใจมากขึ้น เราจำเป็นต้องมีเซลล์เพาะเลี้ยงของกุ้ง แต่ในปัจจุบันการเพาะเลี้ยงเซลล์กุ้งยังไม่ประสบความสำเร็จมากนัก จึงทำให้มีข้อจำกัดในเรื่องของตัวงานในปัจจุบัน แต่อย่างไรก็ตามนักวิทยาศาสตร์ในปัจจุบันส่วนใหญ่ก็จะมุ่งเน้นในการศึกษาหาหน้าที่ของโปรตีนโดยการใช้เทคนิคอื่นๆ เข้ามาช่วย แต่ถ้าในอนาคตเราโชคดี สามารถเพาะเลี้ยงเซลล์ของกุ้งได้ ก็จะทำให้งานวิจัยทางด้านกุ้งก้าวกระโดดไปได้ไกลอีกมาก
ในช่วงที่กำลังเรียนปริญญาเอก อาจารย์มีโอกาสไปทำวิจัยในต่างประเทศที่ไหนมาบ้างคะ
ช่วงที่ผมเรียนมหาวิทยาลัยมหิดล ผมได้ไปทำงานวิจัยที่ไต้หวัน 2 ปี ที่ National Taiwan University ซึ่งงานวิจัยที่ทำเป็นงานวิจัยที่เกี่ยวข้องกับการศึกษาแบบแผนของโปรตีนที่แสดงออก ในกุ้งที่ติดเชื้อไวรัสหัวเหลือง โดยการใช้เทคนิด 2-D gel electrophoresis ซึ่งประสบความสำเร็จในระดับหนึ่ง สามารถนำไปต่อยอดงานวิจัยในแนวลึกได้ นอกจากนั้นผมยังได้ทำวิจัยที่นอกเหนือจากงานของตัวเอง คือการศึกษาหน้าที่ของโปรตีนของ WSSV ซึ่งตอนที่อยู่ที่นั่นผมได้พยายามที่จะค้นคิดเทตนิคต่างๆ ขึ้นมา เพื่อที่จะศึกษาหน้าที่ของโปรตีนในไวรัสตัวนี้ ซึ่งได้เพียงบางตัว โดยผมเองก็ยังไม่ได้มีความพึงพอใจในงานของตัวเอง ซึ่งงานส่วนใหญ่ที่ทำอยู่ที่โน้นก็จะถูกนำมาต่อยอด หลังจากที่ผมกลับมาเป็นอาจารย์ที่ มจธ. ครับ
อาจารย์คิดว่า bioinformatics มีบทบาทอย่างไรกับงานวิจัยของอาจารย์ที่ได้ทำคะ
ผมคิดว่า bioinformatics มีประโยชน์มากสำหรับงานวิจัยของผม เนื่องจากงานวิจัยของผมส่วนใหญ่จะเกี่ยวข้องกับการทำ wet lab ซึ่งแนวทางในการทำ wet lab มันหลีกเลี่ยงไม่ได้เลยที่จะนำ bioinformatics เข้ามาพิสูจน์เพื่อหาคำตอบบางอย่างออกมา เพื่อทำให้งานวิจัยของผมสามารถเข้าไปอยู่ในแนวทาง หรือเป้าหมายที่ถูกต้องและชัดเจนมากขึ้น เพราะงานบางอย่างทางด้านกุ้ง ปัจจุบัน��ังไม่มี complete genome sequence ของกุ้ง แต่ข้อมูลส่วนใหญ่จะเป็นข้อมูลที่อยู่ใน EST database ซึ่งจัดเป็นข้อมูล bioinformatics อย่างหนึ่ง ที่สามารถดึงข้อมูลส่วนนี้มาใช้ในการ���ึกษาวิจัยทางด้านกุ้งและการศึกษาหน้าที่ของโปรตีนของไวรัสตัวแดงดวงขาว ให้ชัดเจนมากขึ้น ซึ่งจะทำให้งานวิจัยมีกระบวนการคิดที่ถูกต้องและชัดเจนมากยิ่งขึ้น
เพราะฉะนั้น ก็เหมือนว่า bioinformatics มีประโยชน์มากเลย
ใช่ครับ bioinformatics ยังช่วยส่งเสริมให้งานวิจัยของผมก้าวหน้ามากขึ้น มีทิศทางที่ถูกต้อง นอกจากนั้นแล้ว bioinformatics ยังเป็นวิทยาศาสตร์อีกแขนงหนึ่ง ที่ทำให้งานวิจัยของผมมีความสมบูรณ์มากขึ้น โดยในปัจจุบันการทำวิจัยอย่างน้อยที่สุด ก็จำเป็นต้องมีการใช้ bioinformatics เข้ามาเกี่ยวข้องจึงจะทำให้งานวิจัยสมบูรณ์มากยิ่งขึ้น
แล้วโปรแกรมที่เกี่ยวกับ bioinformatics อะไรบ้างคะที่อาจารย์เกี่ยวข้องกับงานวิจัย
ซึ่งปกติแล้วผมขอพูดตรงๆ ว่าผมไม่ได้จบทางด้าน bioinformatics มาโดยตรงนะครับ ผมเป็นเสมือน user ซึ่งงานที่ผมใช้ส่วนใหญ่จะเป็นโปรแกรมที่ใช้สร้าง phylogenetic tree โดยใช้ในการเปรียบเทียบวิวัฒนาการของยีนของกุ้งกับยีนในสิ่งมีชิวิตอื่นๆ ว่ายีนนี้ทำหน้าที่อะไร ถ้ายีนมีความคล้ายคลึงกันมาก ก็แสดงว่ามันอาจทำหน้าที่อย่างเดียวกัน ซึ่งจะทำให้ผมสามารถศึกษาเพื่อตั้งกรอบเพื่อพิสูจน์สมมุติฐานขึ้นมาในอีกระดับหนึ่งว่าเราน่าจะศึกษาในทิศทางไหนให้ชัดเจนถูกต้องยิ่งขึ้นครับ
ในงานวิจัยทางด้านกุ้งมีปริมาณข้อมูลทางด้าน bioinformatics มากน้อยแค่ไหนคะ
เท่าที่ผมทราบนะครับในปัจจุบัน complete genome sequence ของกุ้งยังไม่ได้มีการริเริ่มทำขึ้นมา แต่จะมีงานวิจัยในแง่ EST database ที่ค่อนข้างสมบูรณ์แล้ว โดยเกิดขึ้นจากความร่วมมือกันของนักวิจัยที่มีชื่อเสียงของประเทศไทยและประเทศไต้หวัน ทำให้เกิดการรวมข้อมูลของ EST ของกุ้งของทั้งสองประเทศเป็นข้อมูลใหญ่ข้อมูลหนึ่ง ซึ่งในปัจจุบันได้มีการให้นักวิจัยของทั้งสองประเทศเข้าไปค้นหาข้อมูลเหล่านี้ได้แล้ว แต่ยังมีข้อจำกัดในการใส่รหัสผ่านที่อยู่ในกลุ่มนักวิจัยกลุ่มนี้เท่านั้น แต่ในอนาคตน่าจะมีลักษณะที่เป็น open มากขึ้น ซึ่งจะเป็นประโยชน์ให้กับนักวิจัยที่สนใจการทำวิจัยทางด้านกุ้งเข้ามาสืบหาข้อมูลได้มากขึ้น
เรียกได้ว่า การใช้ bioinformatics เป็นการจัดระเบียบข้อมูลที่สำคัญ
ใช่ครับ เป็นการทำให้นักวิจัยสามารถนำมาใช้ประโยชน์ได้ง่ายและสะดวกขึ้น ซึ่งจะเป็นการส่งเสริมให้นักวิจัยเข้ามาทำวิจัยได้มากขึ้น ซึ่งนัก bioinformatics เปรียบเสมือนการปิดทองหลังพระนะ ผมคิดว่ามันเป็นแบบนั้น
อาจารย์คิดว่าจะแนะนำอย่างไรสำหรับผู้ที่เริ่มทำวิจัย อย่านักเรียนปริญญาตรี ที่ต้องการที่จะเรียนรู้เกี่ยวกับ bioinformatics ขั้นพื้นฐาน
ผมคิดว่าหลักสูตรวิทยาศาสตร์ชีวภาพ โดยเฉพาะของหลายๆ มหาวิทยาลัย น่าจะมีการปรับเปลี่ยนหลักสูตรให้ทันสมัยมากขึ้น ให้มีความก้าวหน้า เพราะวิทยาศาสตร์ทางด้านชีวภาพมีการก้าวกระโดดไปไกลมาก การที่จะทำให้นักศึกษามีความสนใจ ผมคิดว่า หลักสูตรน่าจะมีการใส่วิชา bioinformatics เข้าไปในหลักสูตรปริญญาตรี ซึ่งจะทำให้เราสามารถสอนให้นักศึกษามีความรู้ความเข้าใจพี้นฐานทางด้าน bioinformatics มากขึ้น ซึ่งจุดนี้จะเป็นแนวทางหนึ่งที่จะกระตุ้นทำให้นิสิตนักศึกษามีความสนใจที่จะเรียนรู้ทางด้าน bioinformatics มากขึ้น
ถือว่า bioinformatics เป็นพื้นฐานที่นักศึกษาทุกคนควรจะต้องรู้เลย
ใช่ครับ ควรจะต้องรู้ในปัจจุบัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งนักศึกษาวิทยาศาสตร์หลักสูตรชีวภาพ ผมคิดว่าควรที่จะบรรจุวิชานี้เข้าไปในหลักสูตร เนื่องจากผมคิดว่าเทคโนโลยีสารสนเทศมันไปไกลมาก ซึ่งในปัจจุบันหลักสูตร bioinformatics ในระดับปริญญาโท เอก นั้นมีการเปิดน้อย แต่ความต้องการกำลังคนในหลักสูตรนี้ในประเทศมีมาก ปริมาณคนที่มาเรียนก็น้อยด้วย คราวนี้ปัญหาที่ผมเจอคือ หลักสูตรปริญญาตรีไม่มีการเปิดสอนวิชา bioinformatics เพราะฉะนั้นหากเรา force ให้มีการเรียนการสอน bioinformatics ระดับปริญาตรีได้ ซึ่งก็จะทำให้เราได้บุคลากรทางด้านนี้มากขึ้น โดยจะทำให้เรามีกำลังคนในอนาคตที่จบมาทางด้านนี้มากขึ้นด้วย
นักศึกษาในภาควิชาของอาจารย์ให้ความสนใจ bioinformatics มากน้อยแค่ไหนคะ
นักศึกษาหลายๆ คนก็มีความสนใจนะครับ สักประมาณ 5% ของนักศึกษาในชั้นปีที่ 4 ทำไมผมถึงเน้นชั้นปีที่ 4 ก็เพราะว่า นักศึกษาชั้นปีที่ 4 จะมีการทำโครงงานวิทยาศาสตร์ ซึ่งเป็นอีกวิชาหนึ่งในหลักสูตร ซึ่งในโครงงานที่ผมเป็นอาจารย์ที่ปรึกษา และอาจารย์ผู้ร่วมงานบางท่าน ก็จะมีการนำเอา bioinformatics เสริมเข้าไปในโครงงานด้วย ซึ่งผมคิดว่ามันเป็นจุดเริ่มต้นที่ดีในการทำให้เด็กได้เห็นความสำคัญของ bioinformatics และจากการสอบถามนักศึกษาหลายๆ คนที่ใกล้จบ หลายๆ คนก็มีความสนใจที่จะเรียนต่อทางด้าน bioinformatics ในระดับปริญญาโทมากขึ้น ซึ่งผมคิดว่าทุกสิ่งทุกอย่างควรจะเริ่มต้นตั้งแต่ปริญญาตรี เพื่อที่เด็กจะได้เข้าใจได้มากขึ้นครับ
ครั้งนี้นะคะ ต้องขอขอบคุณอาจารย์ไตรวิทย์ รัตนโรจน์พงศ์ เป็นอย่างมากค่ะ สำหรับการให้ข้อมูลและเรื่องราวดีๆ ที่ให้ชาว THAI BIOINFORMATICS ได้รับฟังกันในฉบับนี้นะคะ ขอบคุณค่ะ
